Коронавирусът и ние

За коментари и излияния от всякакъв род, число, спрежение и залог

Moderator: Moridin

User avatar
Amelia
Moderator
Posts: 12921
Joined: Mon Aug 30, 2004 9:49 am

Re: Коронавирусът и ние

Post by Amelia » Tue Apr 07, 2020 8:48 am

@Scourge
Погледнах го това. Първо, не е peer reviewed все още и е написано ужасно. Второ, целия дизайн на изследването изхожда от хипотезата, че ниския хемоглобин и високия серум феритин в 99-те пациента, където това е наблюдавано, е резултат от директно взаимодействие на хемоглобина с разни чаркове на вируса, а хлорокина (или както там се казва на български) доказано влияе на заболяването. За нито едно от двете все още няма достатъчно доказателства (отвъд некви ин витро експерименти за клорокина, дето дори не знам дали са възпроизведени до тоя момент), така че всичкото това са някви far-fetched conjectures. Трето, моделирането е описано отчайващо зле и изглежда все едно е правено от ъндърградс, които натискат някви копчета на някъв софтуер и получават някви резултати, без критичен поглед върху това дали тея резултати стават за чеп за зеле. Работят с homology models, произведени с темплейти със сравнително ниско aminoacid sequence identity, което по принцип означава, че на тея модели не може да им се вярва кой знае колко. На всичкото отгоре, въпросните модели не са валидирани ИЗОБЩО. За справка, homology model-a дето публикувах преди няколко седмици ми отне близо 3 години да го избарам и валидирам и работих и с експерименталисти за тая цел. На ЕДИН ЕДИНСТВЕН ПРОТЕИН това. Сега, ясно че нямаме време да се лигавим, както аз се лигавих с тоя протеин, ама на този етап от време не мога да се трогна от моделите им изобщо. След това правят докинг на хлорокин и порфирин с тея модели, което ако моделът ти е зле е загуба на време. За качеството на докинга не мога дори да говоря, щото както казах, там процесът е описан като рецептура за маймуни върху кой таб на еди коя си програма да кликнат, вместо да кажат някви смислени детайли за scoring functions, клъстериране по ориентация и конформация на лиганда в байнднинг покета и т.н.
Изобщо, доста зле направена наука. Каквато между другото е доста от науката, произведена за този вирус до тоя момент. Хипотезата за хемоглобина иначе е интересна, но няма да ѝ повярвам, докато не видя експериментални доказателства за това или поне, много по-добро моделиране.

@Ambartanen Тоя letter за маските спрях да го чета още на заглавието като видях, че е произведен с 4 (ЧЕТИРИ) пациента. Начи, разбирам, че всички сме отчаяни и ни трябват отговори ей сега веднага, ама просто, не.

И като стана дума за зле направена нАука, на ви едно калкулаторче да видте дали ше омрете сичките:
https://www.covid19survivalcalculator.c ... swClLOmHpc
My Anime List , My Manga List

Oui. Je suis garbage.

User avatar
Ambartanen
Arcanist
Posts: 842
Joined: Mon Mar 15, 2004 6:45 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by Ambartanen » Tue Apr 07, 2020 9:37 am

Amelia wrote:
Tue Apr 07, 2020 8:48 am
Тоя letter за маските спрях да го чета още на заглавието като видях, че е произведен с 4 (ЧЕТИРИ) пациента. Начи, разбирам, че всички сме отчаяни и ни трябват отговори ей сега веднага, ама просто, не.
Еми доста е малко, ама е infinity процента повече от всяко твърдение, че маските помагат :dunno: Реално за конкретното заключение изобщо не са нужни повече хора- при всяко изкашляне вируса минава през хирургическата маска в значителни количества и четири човека са достатъчни да докажат, че това е неоспоримо така.

Далеч по-ценно и все пак засега невъзможно би било да се провери как в реалния свят се заразяват хората. Съдейки по факта, че трейсинга е работеща стратегия, явно "кратък контакт с непознат човек без маска" не е чест случай.

Калкулаторът обаче е доста готин. Доста близо съответства на очакванията ми за мен си.

User avatar
AlDim
Elder God
Posts: 5885
Joined: Mon Jul 24, 2006 1:49 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by AlDim » Tue Apr 07, 2020 10:33 am

Ambartanen wrote:
Tue Apr 07, 2020 9:37 am
Еми доста е малко, ама е infinity процента повече от всяко твърдение, че маските помагат :dunno: Реално за конкретното заключение изобщо не са нужни повече хора- при всяко изкашляне вируса минава през хирургическата маска в значителни количества и четири човека са достатъчни да докажат, че това е неоспоримо така.
Първо - каква точно "surgical" маска е изпозвана? Има много видове с различни филтри и различен процент на пропускваемост на вируси/бактерии. Второ - според тези данни без маска пациент 1 е плюл по-малко вирус, отколото с маска. А?? Трето - около 1/3 от резултатите им показват "not detected" и това е дори при панциент с най-тежката форма на заболяването. Това е невероятен булшит. Честно да ти кажа напълно неадекватна наука е infinity процента по-зле от никаква наука, защото някой може да вземе да се обърка покрай нея.

Единствената полезна информация е, че "We do not know whether masks shorten the travel distance of droplets during coughing." Или с други думи - нямат никаква представа, защото не са тествали разстоянието, което вирусът изминава с или без маска.

User avatar
Ambartanen
Arcanist
Posts: 842
Joined: Mon Mar 15, 2004 6:45 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by Ambartanen » Tue Apr 07, 2020 10:57 am

Цялото нещо е няма и две страници, но въпреки това не си си направил труда да го прочетеш преди да критикуваш.
Първо - каква точно "surgical" маска е изпозвана?
Казват какви маски тестват:
We compared disposable surgical masks (180 mm × 90 mm, 3 layers [inner surface mixed with polypropylene and polyethylene, polypropylene filter, and polypropylene outer surface], pleated, bulk packaged in cardboard; KM Dental Mask, KM Healthcare Corp) with reusable 100% cotton masks (160 mm × 135 mm, 2 layers, individually packaged in plastic; Seoulsa).
Второ - според тези данни без маска пациент 1 е плюл по-малко вирус, отколото с маска. А??
Да, защото показват че под конкретните обстоятелства хирургическите маски имат минимален ефект.
Patients were instructed to cough 5 times each onto a petri dish while wearing the following sequence of masks: no mask, surgical mask, cotton mask, and again with no mask. A separate petri dish was used for each of the 5 coughing episodes.
При положение, че ефекта от маската е толкова малък няма нищо странно в това веднъж да засекат по-висока концентрация на вирус с маска отколкото без.
Трето - около 1/3 от резултатите им показват "not detected" и това е дори при панциент с най-тежката форма на заболяването.
Всъщност това е при жена, която има симптоми от 24 дни и има с доста най-ниския viral load от четирите пациента. По всяка вероятност тя вече е в процес на възстановяване. А що се отнася до общия брой ND, точно това коментират:
All swabs from the outer mask surfaces of the masks were positive for SARS–CoV-2, whereas most swabs from the inner mask surfaces were negative
Не твърдя, че статията е тотално доказателство за безполезността на маските, но е светлинни години пред каквото и да е доказателство за тяхната полезност. Това, че не казва каквото искаш да чуеш, не е тяхна вина.

User avatar
Amelia
Moderator
Posts: 12921
Joined: Mon Aug 30, 2004 9:49 am

Re: Коронавирусът и ние

Post by Amelia » Tue Apr 07, 2020 11:22 am

Не мога да повярвам, че нищите това, да го наречем, изследване. Сериозно. 4 човека обкашлят некви петрита, некви маски биват swab-вани, неясно как. Не е ясно къв е еръра на детекшън метода. При 1/3 от измерванията не се засича нищо. Имаме 3 числа на кръст, с които ми сметат некви medians, все едно може да се направи неква статистика с наличната дейта. Тея числа може преспокойно да са въпрос на случайност и наакана методика, която не е обяснена отвъд "не сме праили грешки в метода, мислим". В 3 от 4 случая не детектват вирус на ВЪТРЕШНАТА СТРАНА НА МАСКАТА (ама детектват отвън, нали) и това се пуска в ефира с дискусия за аеродинамика на маската, ай фъкин кид ю нот. Не ми го побира ума това как е минало ревю и е пуснато да циркулира. Кво дъ фък се случва с науката ни в момента??? Това не е НИКАКВО доказателство за НИЩО и НЯМА НИКАКВА научна стойност отвъд стойността си като пример до кви низини можем да изпаднем и в научните среди като ни избият чивиите и спешно тряя да се напраим на много релевънт.
My Anime List , My Manga List

Oui. Je suis garbage.

User avatar
Ghibli
Elder God
Posts: 5397
Joined: Sat Dec 20, 2003 11:36 am
Location: not really here

Re: Коронавирусът и ние

Post by Ghibli » Tue Apr 07, 2020 11:24 am

Аз като човек с анемия се интересувам дали ще мра. Май че да, ако правилно съм разбрала статията за хемоглобина.
@}->--
"анакин поворачивается к зеркалу, а в нем дарт вейдер. и тут анакин понимает, что ему трудно дышать."

User avatar
AlDim
Elder God
Posts: 5885
Joined: Mon Jul 24, 2006 1:49 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by AlDim » Tue Apr 07, 2020 11:33 am

Сериозен research за ефективността на маските (естествено не е специално за новия коронавирус, защото все още няма достатъчно данни):

https://www.nature.com/articles/s41591-020-0843-2

User avatar
Alexis
Forsaken
Posts: 2638
Joined: Sun Jan 11, 2004 4:57 am
Location: In front of the computer

Re: Коронавирусът и ние

Post by Alexis » Tue Apr 07, 2020 12:18 pm

И аз да се намеся в невероятно чудо с маските с невероятната бройка от n=4. Първо, особено при такова лимитирано число задължително е трябвало да се използват маски от 4 различни партиди, за да се избегне вероятността да се попадне на дефектна партида или още по-идеално, първо да се удостовери, че партидата/ите източник на маски са в пълно съответствие със стандартите. Не пише да е правено такова нещо. И само да отбележа, у нас по мои спомени се препоръчват трислойни текстилни маски, а не двуслойни като използваните в посоченото "проучване".

Но наистина, това е толкова дъното, че вероятно къртиците минават над него без дори да го доближат.
Hic locus est ubi mors gaudet succurrere vitae

Обичам си аватара!!

Die, Fanboys <- a blog for random anime bashing and raving

Scourge
Mistborn
Posts: 1265
Joined: Mon Dec 20, 2004 7:02 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by Scourge » Tue Apr 07, 2020 12:54 pm

@Amelia:
Да, написано е зле, което е нормално за голяма част от началните драфтове на много пейпъри от Азия (и не само). Поне в областите, в които на мен ми се налага да чета неща, всичко се появява първо в arxiv, дълго преди да мине пиър ревю, та това не ме впечатлява толкоз. Но напълно е вероятно да са наистина, ако не ъндърградс, то градс. : )
Най му намирам за любопитно, че казва "щрак" с други наблюдения и статистики. Иначе, конкретно за хинина тези китайци са написали, че не работи напълно, защото инхибира свързването само на един от протеините на вируса с порфирина (същото и за фавипиравира: той пък, според тях, блокирал само свързването на друг вирусен протеин с порфирина).
Едно гуглене показа, че тезата с хемоглобина всъщност не била чак такава рядкост. Ако има нещо вярно, то вирусът, подобно на грипа (но по съвсем различен механизъм), прави демидж не само като резултат от възможна екстремна възпалителна реакция, но и директно. Съвсем лаишки в wild internet conjecture land, това пък може да имплицира, че методиката на лечение на потенциално сериозните случаи може би трябва да е насочена към буустване на кръвния капацитет да разнася O2 и да изнася CO2, за да не се стига до механично обдишване, което пък при нисък такъв капацитет явно не работи и без това (което съвпада с емпиричните данни).

Ghibli wrote:
Tue Apr 07, 2020 11:24 am
Аз като човек с анемия се интересувам дали ще мра. Май че да, ако правилно съм разбрала статията за хемоглобина.
Ту партс. :)
Хипотезата на тези е, че по-ниският хемоглобин води до по-трудно закачане на вируса. (Оттук и по-слабата заболеваемост при жените.)
От друга страна, дали, ако веднъж се закачи, ниският хемоглобин ще проблем, на мен не ми стана ясно.

User avatar
Alexis
Forsaken
Posts: 2638
Joined: Sun Jan 11, 2004 4:57 am
Location: In front of the computer

Re: Коронавирусът и ние

Post by Alexis » Tue Apr 07, 2020 1:41 pm

Scourge wrote:
Tue Apr 07, 2020 12:54 pm
Съвсем лаишки в wild internet conjecture land, това пък може да имплицира, че методиката на лечение на потенциално сериозните случаи може би трябва да е насочена към буустване на кръвния капацитет да разнася O2 и да изнася CO2, за да не се стига до механично обдишване, което пък при нисък такъв капацитет явно не работи и без това (което съвпада с емпиричните данни).
За мен емпиричните дани за ниската ефективност на апаратната вентилация* са по-лесно обясними с масивната алвеоларна травма и намалената нетна площ на газова дифузия през дробовете. Независимо от това, ние нямаме клапа, с която да отклоним кръвотока към тези зони, където през белодробните капиляри минават еритроцити, които в нормални условия биха били окислени, но сега са на празен ход. Това може частично да се компенсира с увеличено парциално налягане на О2 и да се помогне, но дори това може да е безполезно, ако се получи оток със задебеляване на алвеоларната стена до степен на невъзможна дифузия.

Не отричам възможността хемът да е трайно инхибиран и съответно неналичен, но това лесно би се проверило с (уви силно ограничените в момента в световен мащаб) ресурси от еритроцитен концентрат, който да поема функциите, докато и той не бъде инхибиран (не, че имаме времето да си експериментираме в момента). Има дори доста обещаващи изследвания с изкуствена кръв (по-точно hemoglobin-based oxygen carriers) за спешни случаи, която при безперспективни пациенти може да бъде като краен случай (не ми се вярва да е опция в БГ обаче).

Варианти има, проблемът е, че всеки подход е в голяма степен базиран на личните виждания на лекаря/учения, а не на издържани, тествани и доказани в ефективността си лечения. Повечето е преположения.

* за любопитните, някои данни спорят за % смъртност от 50 до 97%, като се счита че евентуално 66% е реалистична картина, но може и да е оптимистична - в БГ са обявили за 1 пациент свален от апаратна вентиалция, но не съм чула доклад той да е изписан.
Hic locus est ubi mors gaudet succurrere vitae

Обичам си аватара!!

Die, Fanboys <- a blog for random anime bashing and raving

Scourge
Mistborn
Posts: 1265
Joined: Mon Dec 20, 2004 7:02 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by Scourge » Tue Apr 07, 2020 4:02 pm

Alexis wrote:
Tue Apr 07, 2020 1:41 pm
Scourge wrote:
Tue Apr 07, 2020 12:54 pm
Съвсем лаишки в wild internet conjecture land, това пък може да имплицира, че методиката на лечение на потенциално сериозните случаи може би трябва да е насочена към буустване на кръвния капацитет да разнася O2 и да изнася CO2, за да не се стига до механично обдишване, което пък при нисък такъв капацитет явно не работи и без това (което съвпада с емпиричните данни).
За мен емпиричните дани за ниската ефективност на апаратната вентилация* са по-лесно обясними с масивната алвеоларна травма и намалената нетна площ на газова дифузия през дробовете. Независимо от това, ние нямаме клапа, с която да отклоним кръвотока към тези зони, където през белодробните капиляри минават еритроцити, които в нормални условия биха били окислени, но сега са на празен ход. Това може частично да се компенсира с увеличено парциално налягане на О2 и да се помогне, но дори това може да е безполезно, ако се получи оток със задебеляване на алвеоларната стена до степен на невъзможна дифузия.
Мерси, видеото беше особено полезно за запознаване.
Разбира се, в контекста на онази хипотеза, напълно е възможно двете неща да са с общ принос за летален изход. Доколкото разбирам от лансетската статия, повредите в дробовете са резултат от имунната реакция, а не директно поражение от вируса, т.е. могат да се явяват по-следващ етап. Иначе на няколко места съм мяркал да се спекулира с барокамерата като евентуално по-ефективно средство от апаратната вентилация при конкретно този вирус, точно заради по-високото налягане на кислород, без потенциалните поражения от интубирането.
Друго, което ми направи впечатление в статията, е масово регистрираната лимфопения сред жертвите (с по-малко, но свръахктивни лимфоцити). Това, заедно с потенциалния хемоглобинов проблем, може да обяснява защо на някакви места американски лекари рапортуват, че емпирично глутатионът значително подобрявал ефекта на хинина.

User avatar
Amelia
Moderator
Posts: 12921
Joined: Mon Aug 30, 2004 9:49 am

Re: Коронавирусът и ние

Post by Amelia » Tue Apr 07, 2020 8:18 pm

Мерси за видеото, @Alexis! Интересно беше да се види демиджа по алвеолите. Много гадна гад е това.

Иначе хлорокина го прилагат тестово в няколко различни държави в различни комбинации с други медикаменти и скоро ще имаме по-добра идея дали ин виво, в човешки организъм, влияе на развитието на заболяването. За биохимията на КОВИД-19 и хлорокина има и други хипотези (няква за промяна на pH гледах някъде, инхибиране на разни протеини, етц.). Нов евидънс (с един господ знае кво качество) излиза непрекъснато, така че е още твърде рано да спекулираме каквото и да е, особено на базата на калпави модели.

Между другото, масово взеха да се пренасочват учени към изследване на тоя коронавирус. Моите експериментални колаборатори от Майо, дето по принцип си работят по разни вируси, веднага го подхванаха това и няколко човека в нашия Centre for Molecular Modeling (шефа ми включително) обсъждат колаборации за някви големи моделирания, така че и от нас ще пренасочат хора към това. Компютърните ни клъстери пратиха писма още преди 2 седмици, че ако рисърчваме КОВИД, ще ни пускат сметките с приоритет. Така че, споко, мобилизирАхме мозъците по планетата, ше го измислим в някакъв момент, въпреки че реално години ще минат преди да знаем каквото и да е с няква сигурност. Фасциниращо ми е как се процедира в момента и в нашите сфери и извън тях. Живеем в ебаси епичния експеримент и безкрайно интересни работи се случват навсякъде - медицина, наука, етика, икономика, политика, медии. Въобще, ако оцелеем има да го дисектираме тоя период от време в продължение на десетилетия.
My Anime List , My Manga List

Oui. Je suis garbage.

User avatar
The Dragon
Elder God
Posts: 8742
Joined: Wed Jan 14, 2004 9:03 pm

Re: Коронавирусът и ние

Post by The Dragon » Tue Apr 07, 2020 9:03 pm

А представи какво щеше да е ако беше нещо наистина опасно. Примерно 30% смъртност.

No need for healthy to wear face masks, says WHO after review
Organisation says no evidence that wearing a mask outdoors prevents Covid-19 infection

От Guardian. От една страна това подкрепя теорията ми че предпазните маски просто няма от какво да предпазват. От друга това е фурнаджийската лопата WHO което значи че истината може да е каквато си иска.
The sinking of the Titanic was a miracle to the lobsters in the ship's kitchen.

User avatar
Alexis
Forsaken
Posts: 2638
Joined: Sun Jan 11, 2004 4:57 am
Location: In front of the computer

Re: Коронавирусът и ние

Post by Alexis » Tue Apr 07, 2020 9:06 pm

Относно pH-то, бих го взела със солидна доза сол, ако става дума за интензивни и особено интубирани пациенти. Но дори при пациенти с тежка пневмония без нужда от интензивно лечение е очаквано да има патологична находка на КГА (кръвно-газовия анализ). На този фон да се изолира специфичното влияние на един фактор е от малко вероятно до абсурдно при времето за анализ, с което са разполагали, предвид изключително тесния нормален диапазон на рН в човешката кръв (7,35-7,45). Тук има инфо за тежка диспнея (задух) при пациенти с различни (други) заболявания, дори без да има наличните други проблеми характерни за Ковид-19, които усложняват ситуацията, но дават малко инфо за промените в КГА при респираторен дистрес.

За заинтересуваните можете да прочетете инфо за респираторните ацидоза и алкалоза.
Hic locus est ubi mors gaudet succurrere vitae

Обичам си аватара!!

Die, Fanboys <- a blog for random anime bashing and raving

User avatar
tigermaster
Elder God
Posts: 5515
Joined: Wed Jun 14, 2006 11:39 am

Re: Коронавирусът и ние

Post by tigermaster » Tue Apr 07, 2020 9:30 pm

Не знам дали маските предпазват от нещо, обаче днес ми беше първият път да нося такава и ако имам избор, ще ми е последният, честно. Някаква трислойна за многократна употреба, дето я сложих, `щото от две седмици не бях излизал извън пределите на двора, ама днеска трябваше да ходя за провизии и не знаех дали ще ме пуснат в магазина без маска на лицето. Ами, както ми е леко затруднено дишането сега заради разни пролетни алергии, съвсем сериозно имах чувството, че ме подлагат на уотърбординг, да не говорим, че маската ми дърпа носа надолу и очилата ми се смъкват и се замъгляват от дъха ми. Пълен кошмар.

Иначе, днес видях разни интересни последствия от взетите мерки против вируса. Примерно резултатът от затварянето на парковете май беше, че в приземния етаж на мола, където ми е хранителният магазин, се бяха събрали дечица да се гонят, докато родителите им ги гледаха от пейката. Лол. А и понятието "маска за лице" е бая разтегливо май, доколкото в рамките на няколко минути видях хора, чиито маски представляваха какво ли не - от надве-натри сгъната носна кърпа до хартиена салфетка, вързана за ушите с помощта на ластици за коса. Доста хора си бяха увили устите с шалове, а други пък носеха поне на вид нормални маски, обаче без да си покрият носовете. В самия магазин, както се оказа, пускаха и без маски този път, обаче аз моята не я свалих, докато бях вътре, не знам защо. Май исках да проверя колко ще издържа. Не беше много. Добре, че напазарувах бързо. :oops:
Света аз цял обходих
и изправен гордо пак стоя.
Срещнах милиони хора
и на всичките им взех ума.

Блог
The Painting
Случаят с изтрития спомен
РЕВЮ: „Tenet“/“Тенет“

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 44 guests